朝廷集合30万大军，命令杨国柱驻守贵阳，满桂驻守遵义，祖大寿驻守重庆，11月份开往目的地，准备进行改土归流。此时大明经济欣欣向荣，士兵战力强大。然西南土司属于国中国，受东吁造反的影响，奢崇明父子早有反心，谁不想自己当皇帝，谁说大明当地官员态度不好，吃拿卡要？元统治的时候杀人随随便便，也没见他们反抗大元。说白了还是大明对他们太好，朝廷不收税，只是三年一贡，还返回好多礼品。土司拼命压榨百姓，打造兵器铠甲，随时反明，彝族百姓苦不堪言，屡屡起义。土司掌握军政、财政大权，官员任命等，俨然土皇帝。一切都是实力说了算，有实力自然就会造反，没实力自然听话，东吁如此，建州如此，奢崇明、普名声亦如此。
土司制度是有利于边疆地区的稳定和发展的。然而土司在地方上拥有相当大的独立性。在王朝衰微时，这些土司便公然反叛。朝廷就试图通过战争或者其他强有力的措施以废除土司制度，实现改土归流。
在明朝初期，在云贵地区就已经出现了改土归流的迹象。朱元璋将元朝在贵州设立的八番顺元宣慰司进行了分割，并在黔中一带设置贵州都司和大量的卫所，进行了屯兵，这便为后来大规模的改土归流做好了军事准备。永乐帝时期，思州田氏相互攻伐，被朝廷平定。于是永乐帝废除了思州两大宣慰司，设置了八个府，并和贵州宣慰司合并设置了贵州布政使司。这便是贵州建省的开始，也是贵州大规模改土归流的开端。万历时期，播州杨氏反被平定。朝廷将播州宣慰司废除，设置了遵义府和平越府，分别划给了四川省和贵州省。在1630年，明朝又平定了水东宋氏的叛乱，其地设置了开州。至此，贵州地区四大土司只剩下了水西宣慰司。除了贵州省之外，云南、两广等地在明朝中后期都进行了大量的改土归流。经过了近200年的发展，过去土司尾大不掉的局面已经得到了彻底的扭转。
清朝继续在西南地区推行改土归流。清朝前期采取的主要政策是将土司拆分，这样使得土司的数量大大的增加，但是其力量却远远减弱。清朝初期，全国共有大小土司606家，到了乾隆时期增加到了1000多家，其中影响较大的仅仅只有5家。当土司反叛时，清朝就果断进行了武力平定，并裁掉土司。康熙时期，贵州水西安氏反，被平定，杀的只剩38户，沿袭了1400年的水西土司宣告结束。雍正时期是清朝“改土归流”的高峰，云南的东川土目、乌蒙土府、湖广永顺保靖二宣慰司等较大规模的土司均被废除。乾隆又废除了四川的大小金川等土司。到了清朝后期，存在较大影响的土司已经基本不存在。
民国初年还有900多处土司。因而民国还在继续推动改土归流，到了1923年，全国土司数量下降到了488个。南京国民政府建立后，开始对土司进行了调查，并颁布了废除的命令。但是由于当时中央集权薄弱，其政令难以执行。地方部分土司表面上交了土司印信，但是实际上还是地方的一大势力。有的土司还会公然抵抗其废除土司的政令。不过，南京国民政府的“改土归流”依然取得了效果。
新中国建立之初，土司数量还有269个，继续废除土司，1958年，西南大部分的土司基本宣告废除。而远在甘孜、凉山、阿坝等偏远西藏的，直到1967年才彻底宣告结束。
明末土司们自主性极强，相当于自己地盘的土皇帝，贸然实行改土归流，必然引起众多不满，恐怕会造成更大规模的战争。
1631年2月，三路大军几乎同时到达目的地，杨国柱率领十万人开进贵阳，满桂率领十万大军刚开进遵义，祖大寿率领十万大军开进重庆。
朝廷派遣使者召集大小土司宣布朝廷新政：“改土归流，移民建国。中央派遣流官治理地方，以适应社会发展需要，土司制度已经阻碍地方发展。”
大小土司炸锅，有的说违反太祖祖制，有的说移民是谎言，有的说大明太狠了......
秦良玉表示故土难离，遵守大明新政，而马祥麟愿意海外建国。驻守察哈尔的白杆兵撤回，九边兵马补充，秦良玉领一半兵马驻守重庆，马祥麟领一半去南洋建立石柱国。
永宁宣抚司土司奢崇明从天启二年就想造反，被大明屡屡胜利的消息压制住野心。安邦彦是贵州水西大土司，时任贵州宣慰司同知亦有异心，只是碍于明军势大，一直不敢出头。这下两人悄悄使了个眼色，找了个偏僻的地方商量事情，两人同为彝族决定结为攻守同盟。至于水东宋氏宋万化，早就准备跟随奢崇明造反，其它小土司说不定亦会跟着造反。
经过十天准备，奢崇明领5万兵马，安邦彦领3万兵马，宋万化2万兵马，截断粮道围攻贵阳。杨国柱怎么着也是参加过百万大军对战，十万大军出城，采取一力降十会策略。拉出虎蹲炮和火箭炮出城野战，一阵猛轰，击溃敌军，两万骑兵后面狂追敌将，几个回来下来，围困奢崇明、安邦彦、宋万化，三人无奈投降。杨国柱派兵到古蔺、大方、开阳把三位土司抄家。
改土归流顺利进行，奢崇明、安邦彦、宋万化三人及九族发配到南大陆为奴。小土司及士兵百姓愿意移民，配备燧发鲁密铳和虎蹲炮，统统移民苏门答腊岛，改名为新贵州，成立石柱国和水国，苏门答腊岛一分为二，不少小土司移民两国。巨港一百里范围为福建水师地盘，福建水师负责运送移民。留下的子民，废除农奴制，平均分配土地，朝廷派官员治理。
参考贵州省土改归流的顺利推进，云南普名声、沙定海都没说什么，要求移民建国，朝廷二话不说，全把这些不稳定分子发送婆罗洲，改名为新云南，朝廷组织各个土司平均划分地盘，这里土地众多，日照充足，一年三熟，尤其是有很多大家喜欢的野生榴莲，都让林中猴子给霍霍实在可惜，不如让土司子民享用。这里比云贵高原强太多，人口一定会大增，大家统一意见，接受朝廷平均划分方案，分别立国，这个时候东南亚土着人很少，甚至不如明人多。
沐国大小土司转移到苏拉威西岛建国，土司和百姓配备燧发鲁密铳，应对这里野蛮人。
1631年11月，大明土司制度彻底覆灭，废除农奴，压在农奴身上的大山被卸去。西南地区掀起移民热，人口减半，土地开始充裕，移民是双赢结局，大明不稳定因素又少了一个。